Les collaborations avec les grands partenaires publics nationaux chargés de concevoir ou de mettre en œuvre des politiques publiques s’appuient souvent sur des accords-cadres. La construction et la signature des accords-cadres traduisent la position de l’Institut, assoient sa compétence sur des grandes thématiques, et aident au développement de partenariats structurants avec les partenaires publics non académiques. Les accords-cadres précisent la vision partagée, les thématiques et les modalités de collaboration, ainsi que les modalités de pilotage de cette collaboration. 
La direction de l’appui aux politiques publiques développe et anime ces accords, dont voici la liste ci-dessous :

• Agence française pour le développement et la promotion de l’agriculture biologique (L’agence Bio) ; voir le communiqué de presse
• Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (Andra)
• Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) ; voir le communiqué de presse
• Association nationale des Pôles territoriaux et des pays (ANPP) ; voir le communiqué de presse
• Centre d’études et d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement (Cerema) ; voir le communiqué de presse
• Centre national d’études spatiales (CNES) ; voir le communiqué de presse
• Centre national de la propriété forestière (CNPF) ; voir le communiqué de presse
• Institut national de l’information géographique et forestière (IGN) ; voir le communiqué de presse
• Météo-France ; voir le communiqué de presse
• Ministère de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire
• Ministère de la Transition écologique et de la cohésion des territoires
• Office français de la biodiversité (OFB) ; voir le communiqué de presse
• Office national des forêts (ONF) ; voir le communiqué de presse

De même, la représentation de l’Institut dans les instances des collectivités, et autres organisations territoriales partenaires, assure les collaborations au niveau territorial.

• Agence de l’eau Adour-Garonne ; voir le communiqué de presse
• Agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse ; voir le communiqué de presse
• Fédération des Parcs naturels régionaux de France (FPNRF) ; voir le communiqué de presse
• Métropole du Grand Lyon ; voir le communiqué de presse
• Parcs naturels régionaux de France ; voir le communiqué de presse
• Pôle d’analyses et de recherche interdépartemental de Normandie (Labéo) ; voir le communiqué de presse